Tras culminar la primera fase del torneo, se establecieron los emparejamientos de la segunda etapa a lo largo y ancho del territorio provincial. Se disputará desde el 9 de junio.

Terminó la primera etapa de la Copa Santa Fe 2024 y ya quedaron definidos los cruces para la segunda ronda.
En cuanto a los equipos representantes de Liga Rafaelina de Fútbol. Ben Hur eliminó a Atlético Belgrano (Colonia Belgrano) con un global en la serie de 6-0 (3-0 ida y 3-0 vuelta). En tanto que Sportivo Norte consiguió la clasificación desde los penales, después de igualar la serie global 4-4 (4-4 ida y 0-0 vuelta).
La novedad en la segunda fase será el debut de Ferrocarril del Estado frente a Atlético San Jorge y de Peñarol que se medirá contra Sportivo Norte.
9 de Julio y Unión de Sunchales debutarán en la tercera etapa mientras que Atlético de Rafaela lo hará en octavos de final.


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Así quedaron conformadas las series de la segunda fase de la Copa Santa Fe de fútbol masculino:
Barrio Norte de Avellaneda vs Atlético y Tiro de Reconquista
Matienzo vs Racing de Reconquista
Ferro Dho vs Libertad de San Jerónimo Norte
Sportivo Norte vs Peñarol de Rafaela
Giuliani FC vs Colón de San Justo
Juventud de Esperanza vs Ben Hur
El Quillá vs Tiro Federal
Atlético San Jorge vs Ferrocarril del Estado
Americano vs Montes de Oca
Defensores de Armstrong vs Argentino Las Parejas
Unión de Álvarez vs Belgrano de Serodino
Coronel Aguirre vs Unión de Arroyo Seco
Racing de Villada vs Centenario.
Jorge Newbery vs Racing de Teodelina
Atlético Elortondo vs Juventud Pueyrredon.