La máxima entidad, en un principio, había considerado que el club no fue campeón del mundo en 2000 y 2003.La FIFA emitió un comunicado rectificándose.
En su página oficial, la FIFA explicó como se llevará a cabo la nueva Copa Intercontinental y, al momento de detallar quienes fueron los ganadores de los últimos años, no se muestran los títulos obtenidos por Boca en el 2000 y 2003.
El primero fue cuando comenzó el Mundial de Clubes con una final en donde el Corinthians de Brasil le ganó a Vasco da Gama. Pero, en ese mismo año, Boca superó 2-1 a Real Madrid en una final que, pareció ser, inválida para la organización, la cual, en un principio, le dio el título mundial al equipo brasileño.
Boca volvió a ganar otra Intercontinental en el año 2003, después de derrotar al Milan de Italia por penales, tras el 1-1 disputado durante los 120 minutos de juego. Esto tampoco había sido reconocido por la organización, la cual aseguró que la segunda edición del Mundial de Clubes fue en 2005.
Si bien los dos trofeos obtenidos por Boca son oficiales y cuentan como título internacional, en un inicio la FIFA consideró que el club no fue campeón del mundo. Después del revuelo generado en las redes sociales, la organización actualizó la nota publicada y detalló que en el 2000 el Corinthians fue campeón del Mundial de Clubes, mientras que Boca conquistó la Copa Intercontinental. En cuanto al trofeo obtenido en 2004, Boca figura como el único equipo campeón del mundo.
La explicación de la FIFA
"Desde su puesta en marcha en el año 2000, cuando se denominaba Campeonato Mundial de Clubes de la FIFA, la Copa Intercontinental de la FIFA fue evolucionando hasta convertirse en la máxima competición anual de clubes del planeta, cuyo ganador lucía el emblema de campeón durante un año. La primera edición del Campeonato Mundial de Clubes de la FIFA se celebró en Brasil, y en ella participaron ocho equipos de las seis confederaciones. La competición se disputó paralelamente a la Copa Intercontinental, que había enfrentado cada año desde 1960 al campeón de la CONMEBOL y al campeón de la UEFA.
En octubre de 2017, el Consejo de la FIFA aprobó una moción por la cual se reconoció campeones del mundo de clubes a todos los equipos europeos y sudamericanos que habían ganado la Copa Intercontinental, disputada entre 1960 y 2004.
Tras un paréntesis entre 2001 y 2004, la competición regresó en 2005 como Copa Mundial de Clubes de la FIFA y siguió creciendo en alcance, dimensión y reputación, puesto que enfrentaba a los mejores equipos de cada continente. En 2024, la competición entró en una nueva fase con la creación de la Copa Intercontinental de la FIFA, en la que los campeones de cada una de las seis confederaciones tendrán la oportunidad de competir cada año en los escenarios mundiales".